Het dagelijks bestuur van het Nationaal Programma Rotterdam Zuid is samengesteld uit vertegenwoordigers van de verschillende partners. Het huidige dagelijks bestuur bestaat uit:
Carola Schouten, burgemeester van Rotterdam,
onafhankelijk voorzitter
Renata Voss, voorzitter college van bestuur Stichting BOOR
namens de onderwijspartners (interim)
Fred Westerbeke, politiechef Eenheid Rotterdam
Hugo Hillenaar, hoofdofficier van Justitie Rotterdam
namens veiligheidspartners (Politie, OM, Reclassering Nederland)
Kevin Kanu, eigenaar Kanu Experience
namens bewoners
Pauline Calmez, directeur Netwerk Nieuw Rotterdam
bestuurslid voor bondgenootschap/eigenaarschap bewoners
Victor van der Chijs, voorzitter Deltalinqs
namens de werkgevers
Tim Versnel, wethouder Werk&Inkomen, NPRZ, EU-arbeidsmigranten
namens de gemeente Rotterdam
Aimee Heijdenrijk, bestuurder zorgorganisatie Pameijer,
namens de zorg
Miriam Hoekstra-van der Deen, voorzitter raad van bestuur Woonstad Rotterdam
namens de woningcorporaties
Marieke van Wallenburg, secretaris-generaal bij ministerie van Sociale Zaken en Werkgelegenheid
namens het Rijk
De bestuurszetel voor cultuur is vacant.
Naast de bestuursleden heeft het NPRZ ook mensen die een ambassadeurschap vervullen bij het NRPZ:
Hans Rijnierse
NPRZ Governancepaper
Op verzoek van het NPRZ-bestuur heeft Van de Bunt Adviseurs een paper geschreven waarin de governance van het NPRZ-bestuur wordt beschreven. Deze paper is vervolgens door het NPRZ-bestuur vastgesteld. De laatste wijziging heeft plaatsgevonden in 2019. De zittingstermijn van de bestuurders is toen toegevoegd.